موانع و مشکلات پیش روی اجرای روش
دسترسی به برخی اطلاعات و ذینفعان
برای پاسخ‌دهی به سؤالات روش باید با ذینفعان مختلف مصاحبه شود. مشکل این است که دسترسی به ذینفعان راحت نیست و بسیاری از آنها همکاری لازم را نمی‌کنند. یکی از ریسک‌های پیش روی روش که در مستندات هم به آن اشاره شده عدم توانایی در دسترسی به اطلاعات و پیدا کردن اطلاعات مناسب برای تحلیل و پاسخ به سؤالات است. بنابراین توصیه می‌شود، مصاحبه و دریافت اطلاعات با اشخاصی که در دسترس‌ترند و مذاکره با آنها راحت‌تر است، شروع شود. نکته این است که فرایند PEA، فرایندی مستمر، تکمیل‌شونده و تکراری است و می‌توان به تدریج آن را توسعه داد.
سوگیری در تحلیل
از طرف دیگر وقتی با این رویکرد شروع کنیم و از کسانی که صحبت با آنها ساده‌تر است وارد مصاحبه و شناخت شویم، تهدید دومِ پیش رو این است که تحلیل، به سمت آنهایی که دسترسی به آنها ساده‌تر است دچار سوگیری شود. این چالش در خیلی از متدولوژی‌ها وجود دارد. در بسیاری از تحلیل‌های کشور مشاهده می‌شود که علت رسیدن به یک سیاست و برنامه و یا تحلیل، فیلتر شدن بخش مهمی از ذینفعان و بازیگران است که برخی از آنها به دلیل مشکل دسترسی بوده و برخی نیز به دلیل برچسب‌زنی‌هایی است که افراد حذف می‌شوند. یعنی فرضاً وقتی می‌خواهیم برنامه‌ریزی اجتماعی انجام شود، به سمت کسانی که در نهادهای حاکمیتی هستند یا وابستگی به حاکمیت دارند، می‌رویم. لذا برنامه‌ای هم که بیرون می‌آید، قاعدتاً متمایل به این افراد است و بخش اعظمی از جامعه را که ممکن است تفاوت‌ها یا انتقاداتی داشته باشند از تحلیل‌ها و برنامه‌ریزی‌ها حذف می‌شود. بنابراین در این روش باید به این موضوع توجه شود که سهولت دسترسی به برخی از اجزاء و بازیگران، باعث سوگیری نشود.
بی‌توجهی به تجربیات شکست‌خورده در کشور
نکته کلیدی دیگر که در راهنماها و مستندات آمده، اهمیت بررسی تاریخچه موضوع است. خصوصاً در مستندات، تأکید به بررسی و تحلیل تلاش‌های شکست‌خورده شده است. تلاش‌هایی که برای یک تغییر یا برنامه‌ریزی یا سیاستگذاری انجام شده ولی با موفقیت همراه نبوده است. نگاشت این تجربیات و تحلیل علت‌های شکست، می‌تواند خیلی کمک‌کننده باشد و جلوی شکست خوردن از همان عواملی که باعث شکست برنامه‌ریزی قبلی شده را بگیرد. قواعد بازی بین بازیگران مختلف که احتمالاً علت شکست یا موفقیت بوده‌اند، در این بررسی‌های تاریخی روشن می‌شود.
چالشی که در کشور ما وجود دارد، عدم ثبت تجربه بالاخص تجربیات شکست‌خورده است. اصلاً شکست پذیرفته نمی‌شود که ثبت شود! چیزی به عنوان برنامه شکست‌خورده نداریم! در بسیاری کشورها یک بحث متعارفی است که اعلام می‌کنند خیلی از برنامه‌ها شکست‌خورده و روی آن سمینارها و کنفرانس‌های مختلف برگزار می‌شود و جامعه متخصصین و نخبگان از آن استفاده می‌کنند و در برنامه‌ریزی‌های بعدی از آن استفاده می‌شود. با توجه به این مشکل در کشور ما، باید از منظر خود تحلیلگر، برنامه یا کاری را موفق یا شکست‌خورده به حساب آورده و تحلیل کرده که باز در این صورت نیز دسترسی به داده‌های تجربیات قبلی کار سختی است که باید برای آن فکری شود.
ملاحظات اجرای روش
برای اجرایی کردن این روش باید به نکات زیر توجه کرد.
پس زدن روش از سوی غالب سیاست‌گذارن و نهادهای حاکمیتی
غالب سیاستگذاران و نهادهای حاکمیتیِ کشور، این رویکرد را پس می‌زنند. به خاطر اینکه افرادی که از برنامه‌ریزی، دنبال رسیدن به یک سند راهبردی هستند، این روش را نخواهند پذیرفت. پذیرش این رویکرد مستلزم صبر سیستمی، دنبال‌گیری، پیگیری مستمر، یادگیری و مشارکت دارد که ممکن است با فرهنگ بسیاری از مسئولین و نهادهای حاکمیتی سازگار نباشد.
اجتناب از دستیابی سریع به راه‌حل‌های کوتاه مدت
این روش به دنبال ارائه یک راه‌حل کوتاه‌مدت نیست. نباید انتظار داشت که به کمک این روش، با شناخت اجمالی و سطحی به دنبال راه‌حلی باشیم که کنجکاوی ما را پاسخ بدهد. نمی‌توانیم از این روش به سرعت یک راه‌حل دقیقِ قطعی برای یک مسئله کلان پیچیده پیدا کنیم. البته مواردی هم که قبلاً به عنوان راه‌حل ما را ارضای کاذب می‌کرد، واقعاً راه‌حل نبود که اگر راه‌حل درستی بود، الآن با این مشکلاتی که مواجه هستیم، روبرو نبودیم.
شکاف بین بازیگران دولتی و مجریان
معمولاً بین سیاستگذاران، مسئولین و بازیگران اثرگذار در یک جامعه با طراحان و مجریانی که بر اساس PEA فعالیت می‌کنند شکاف وجود دارد. عمدتاً اگر یک نهاد بیرونی یا حمایتی، کاری را انجام دهد، نهادهای حاکمیتی خیلی مقاومت می‌کنند و آن را نمی‌پذیرند.
بومی‌سازی متدولوژی تحلیل اقتصادی سیاسی متناسب با فضای مسئله
لازم است متدولوژی‌ها متناسب با مسائل، انتخاب یا طراحی شوند. هر چند در کشور ما معمولاً برعکس این کار انجام می‌شود یعنی ابتدا متدولوژی انتخاب شده و مسئله با متدولوژی متناسب‌سازی می‌شود، اما قاعده صحیح این است که ابتدا مسئله خوب تعریف شود، سپس متدولوژی بر اساس آن طراحی یا انتخاب شود، و بعد از آن، متدولوژی متناسب با مسئله ویژه‌سازی شود.