تحلیل اقتصادی سیاسی از یک سری سؤالات در چهار محوری که بیان شد، شروع می‌شود. بر اساس سؤالات، می‌توان رویکرد صحیح را حسب هر مسئله اتخاذ کرد و سپس به تبع آن، ابزارهای لازم را برای تحلیل، طراحی و سیاست‌گذاری انتخاب نمود. بنابراین دو مسئله اصلی‌ای که در شروع کار PEA مهم است، فهرست کردن سؤالات پیش‌روی است (سؤال‌ها باید صحیح و دقیق طرح شوند، نه کلی و مبهم) و سپس اینکه ابعاد و حوزه نفوذ و گستردگی‌ای هر کدام از آنها تعیین شوند.
هرچند روش و سؤالات دقیقی برای حوزه‌ها و شرایط مختلف نمی‌توان ارائه کرد، اما یک سری سؤالات کلی وجود دارد که می‌توان با این سؤالات شروع کرد و مناسب است که طرح شوند تا قدم‌های ابتدایی را راهنمایی کرده و سردرگمی را کاهش دهد.
لیستی از سؤالات که در ادامه بیان می‌شود، سؤالات کلی‌ای هستند که تحلیل PEA را می‌توان با آنها شروع کرد. این سؤال‌ها در حوزه‌های مختلف می‌تواند تخصصی‌تر، جزئی‌تر و دقیق‌تر شود و وضع موجود و شرایط را تبیین کند.
سؤالات حوزه ساختارها
سؤال اول: مهمترین مسائل اقتصادی حوزه مورد بررسی کدامند؟
سؤال اول این است که مسائل مهم اقتصادی در حوزه مورد بررسی چیست. لیست کردن این مسائل و پدیده‌های مهم اقتصادی ضروری است چرا که بافت اقتصادی جامعه توصیف‌کننده و تبیین‌کننده بسیاری از رفتارهای اجزای مختلف است.
سؤال دوم: بودجه‌های حاکمیتی چگونه مصرف می‌شوند؟
دومین سؤال در حوزه ساختارها این است که بودجه‌های حاکمیتی در سطوح مختلف ملی، حوزه و مسئله، صرف چه چیزهایی می‌شود. مثلاً در سطح حوزه، سؤال این است که بودجه‌های حوزه مورد نظر در چه برنامه‌هایی و چرا هزینه می‌شود.
سؤال سوم: مهمترین طرازها و بخش‌های اجتماعی از منظر قومیتی، دینی، سنی و جنسیتی چیست؟
ساختارهای اجتماعی در تحلیل‌های بعدی بسیار مهم است. سؤال این است که جامعه را از این منظرهای قومیتی، دینی، سنی و جنسیتی، به چه بخش‌هایی می‌توان تقسیم کرد.
سؤالات حوزه فرایندهای چانه‌زنی و تعامل بین اجزای مختلف
سؤال اول: فرایندهای تعامل انحصاری یا باز در جامعه چیست و چگونه اتفاق می‌افتد؟
بخش‌های مختلف جامعه که در سؤالات قبل مشخص شد، نقش‌شان در فرایندهای تعامل مهم است. مثلاً در بحث جنسیتی، نقش زنان در این حوزه‌ها و فرایندهای چانه‌زنی چیست.
سؤال دوم: ارزش رایج در تعاملات و فرایندهای چانه‌زنی چیست؟
سؤال دوم این است که پول رایج یا ارزش رایج در تعاملات و فرایندهای چانه‌زنی چیست؟ یعنی چه چیزهایی بین اجزای مختلف جامعه بده بستان می‌شود؟ اگر زنجیره و جریان‌های ارزش بین اجزای رسمی و غیررسمی جامعه و حاکمیت به درستی نگاشت بشوند، می‌تواند خیلی چیزها را نشان بدهد و خود به خود مسیر سیاست‌گذاری و اجرای سیاست را مشخص کند.
سؤال سوم: برای اجرای سیاست چه مقدار چانه‌زنی، معامله و لابی‌گری لازم است؟
نگاشت نیروهایی که باعث می‌شود تعادل و تعامل اتفاق بیفتد، در این سؤال مشخص می‌شود. مثلاً اگر کابینه یا دولت یا مجلس یک قانونی را وضع کند، یا سیاستی را ابلاغ کند، آیا اجرا می‌شود یا نیاز است که لابی‌ها یا چانه‌زنی‌هایی اتفاق بیفتد که بتوان سیاست را پیاده کرد؟ چه وقت این چانه‌زنی‌ها با فشارهای حاکمیتی و دولتی همراه می‌شود؟
سؤال چهارم: در اجزا و سطوح مختلف چه قراردادها و تعهدات رسمی و غیررسمی وجود دارد؟
در اجزاء و سطوح مختلف، چه قراردادها و تعهدات رسمی و غیررسمی وجود دارد؟ آیا اینها پایدار یا ناپایدارند؟ انحصاری یا غیر انحصاری هستند؟ چه عواملی باعث اجرای این تعاملات و قراردادهای رسمی و غیررسمی می‌شود؟ چه عوامل مؤثری در اجرا و چه موانعی، بازدارنده اجرای اینهاست؟
سؤالات حوزه ذینفعان
سؤال اول: ذینفعان حوزه مورد بررسی چه کسانی هستند؟
ذینفعان حوزه مورد بررسی چه کسانی هستند و ساختارهای رسمی و غیررسمی سازمان‌دهی آنها چگونه است؟ چرا ساختارها باید در مأموریت ما درگیر شوند و علت، نحوه و شیوه درگیری آنها چگونه است؟
سؤال دوم: ذینفعان چگونه و بر اساس چه قواعدی با یکدیگر ارتباط پیدا می‌کنند؟
سؤال دوم در مورد ارتباط بین ذینفعان است که این ذینفعان چگونه با همدیگر ارتباط پیدا می‌کنند و تعاملات آنها با یکدیگر بر مبنای چه قواعدی است؟
سؤال سوم: ذینفعان مختلف، چه نگاهی به مسئله مورد بررسی دارند؟
سؤال آخر در مورد ذینفعان این است که از منظر ذینفعان مختلف، مسئله مورد بررسی، چگونه دیده می‌شود؟
سؤالات حوزه مشوق‌ها و بازدارنده‌ها
سؤال اول: مشوق‌های مهمی که ممکن است باعث پیشرفت و تغییر شود چیست؟
مشوق‌های مهمی که ممکن است باعث پیشرفت و تغییر شود، چیست؟ این مشوق‌ها شامل موارد مختلف قانونی و شرعی، مدل‌های وام‌دار بودن آدم‌ها نسبت به همدیگر و موارد امنیتی است. همچنین مشوق‌های مختلفی که ممکن است برای گروه‌های درگیر و ذینفعان شناسایی شده، مهم باشد، در پاسخ به این سؤال شناسایی می‌شود.
سؤال دوم: چه عواملی باعث بی‌انگیزگی و مانع اجزا و ذینفعان مختلف است؟
سؤال دوم مربوط به موانع و عوامل بازدارنده است. چه عواملی باعث بی‌انگیزگی و مانع اجزاء و ذینفعان مختلف است؟
سؤال سوم: چه موازنه و تعادلی بین مشوق‌ها و موانع و بازدارنده‌های مختلف وجود دارد؟
سؤال آخر، پیرامون موازنه بین مشوق‌ها و بازدارنده‌ها است که باید مشخص شود برای هر جزء و ذینفع چه موازنه و تعادلی بین مشوق‌های مختلف و موانع و بازدارنده‌های مختلف وجود دارد و وزن اینها نسبت به هم چگونه است؟